IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® (http://www.imgt.org) créé en 1989 à Montpellier (Université Montpellier 2 et CNRS) est le premier et, à ce jour, le seul système d'information intégré en immunogénétique.

IMGT® est la référence internationale en immunogénétique et immunoinformatique.

IMGT® est une marque déposée du CNRS (France, Union Européenne, Canada et Etats-Unis). IMGT® est spécialisé dans les séquences, structures et données génétiques des anticorps ou immunoglobulines (IG), récepteurs T (TR) et complexe majeur d'histocompatibilité (MHC, pour major histocompatibility complex) des vertébrés, des protéines des superfamilles IgSF et MhcSF, et des protéines apparentées du système immunitaire (RPI, pour Related Proteins of the Immune system).

ENGLISH VERSION:

IMGT® comprend des bases de données, des outils interactifs pour le traitement et l'analyse des séquences et des structures et des ressources Web (plus de 10.000 pages HTML d'expertise détaillée). IMGT® est utilisé par des scientifiques et industriels en recherche fondamentale, vétérinaire et médicale, en génomique, pour les diagnostics, en biotechnologie relative à l'ingénierie des anticorps et dans les approches thérapeutiques (greffes, immunothérapie, vaccinologie).

IMGT®, the international ImMunoGeneTics information system® http://www.imgt.org, is the global reference inimmunogenetics and immunoinformatics, created in 1989 by Marie-Paule Lefranc (Université Montpellier 2 and CNRS).IMGT®is a high-quality integrated knowledge resource specialized in theimmunoglobulins (IG) or antibodies, T cell receptors (TR), majorhistocompatibility complex (MHC) of human and other vertebrate species,and in the immunoglobulin superfamily (IgSF), MHC superfamily (MhcSF)and related proteins of the immune system (RPI) of vertebrates andinvertebrates.IMGT® provides a common access to sequence, genome and structureImmunogenetics data, based on the concepts of IMGT-ONTOLOGY and on theIMGT Scientific chart rules.IMGT® works in close collaboration with EBI (Europe), DDBJ (Japan) and NCBI (USA).IMGT® consists of sequence databases, genome database, structure database, and monoclonal antibodies database, Web resources and interactive tools.

IMGT® (http://www.imgt.org) comprend:

1) cinq bases de données: trois de séquences (IMGT/LIGM-DB, IMGT/MHD-DB, IMGT/PRIMER-DB), une de gènes (IMGT/GENE-DB) et une de structures tridimensionnelles (3D) (IMGT/3Dstructure-DB):

- IMGT/LIGM-DB est la base de données internationale pour les séquences d'IG et TR de l'homme et des autres espèces de vertébrés. Créée à Montpellier en 1989, et sur le Web depuis juillet 1995, IMGT/LIGM-DB contient plus de 136.000 séquences de 235 espèces en juin 2009.
- IMGT/MHC-DB est hébergée sur le serveur de l'European Bioinformatics Institute EBI (GB) et comprend les séquences HLA (ANRI, GB) et MHC de primates (BPRC, Pays-Bas).
- IMGT/PRIMER-DB est la base de données des oligonucléotides qui servent d'amorces ou primers, implémentée à Montpellier, en collaboration avec EUROGENTEC S.A. (Belgique).
- IMGT/GENE-DB est la base de données de gènes d'IMGT. IMGT/GENE-DB contient des informations sur tous les gènes des IG et TR de l'homme et de la souris. Des liens directs réciproques existent entre IMGT/GENE-DB et Entrez Gene au NCBI (ceci est le seul exemple de liens directs effectués par Entrez Gene au NCBI sur une base de données externe).
- IMGT/3Dstructure-DB est la base de données de structures 3D d'IMGT. Elle contient des informations sur les séquences, les structures 2D (ou "IMGT Colliers de Perles") et les structures 3D des IG, TR, MHC et RPI. Créée par LIGM, sur le Web depuis novembre 2001, IMGT/3Dstructure-DB contient, en juin 2009, 1.602 fichiers de coordonnées atomiques.

2) quinze outils interactifs en ligne pour l'analyse de séquences, de gènes et de structures:
- IMGT/V-QUEST (V-QUEry and STandardization) est un outil d'alignement intégré pour les séquences nucléotidiques des régions et des domaines variables des IG et des TR.
- IMGT/JunctionAnalysis est un outil complémentaire à IMGT/V-QUEST, qui fournit une analyse minutieuse des jonctions des gènes réarrangés d'IG et de TR.
- IMGT/Allele-Align est un outil qui permet la comparaison de deux allèles et indique leurs différences au niveau nucléotides et acides aminés.
- IMGT/PhyloGene est un outil d'analyse phylogénétique. C'est un logiciel intégré qui calcule et représente les arbres phylogénétiques des séquences nucléotidiques des régions variables d'IG et de TR.
- IMGT/DomainDisplay permet de visualiser les séquences protéiques des domaines de l'"IMGT Domain directory" et d'effectuer des requêtes selon les types de domaines des superfamilles IgSF et MhcSF.
- IMGT/GeneView permet de localiser un gène donné dans un locus d'IG ou de TR.
- IMGT/GeneSearch permet de rechercher des gènes dans un locus donné, la requête étant faite par le nom des gènes, leur fonctionnalité ou leur localisation sur le chromosome.
- IMGT/LocusView permet d'identifier les gènes dans un locus et d'agrandir la zone d'intérêt.
- IMGT/CloneSearch permet de rechercher les clones correspondant aux gènes dans IMGT/LocusView.
- IMGT/GeneInfo est un outil, développé par le Laboratoire TIMC-IMAG-CNRS UMR 5525, et le Laboratoire d'Immunochimie, CEA-G/DRDC/ICH CEA-Grenoble, INSERM U548 Université Joseph Fourier, Grenoble 1. IMGT/GeneInfo est le premier outil développé par une équipe extérieure et intégré au système d'information IMGT.
- IMGT/GeneFrequency permet de représenter, sous forme d'histogrammes, la fréquence des gènes utilisés dans IMGT/LIGM-DB, en réponse à des requêtes des utilisateurs, selon des critères d'espèces, de locus, de spécificités.
- IMGT/DomainGapAlign permet d'aligner la séquence protéique d'un domaine avec la séquence la plus proche de l'"IMGT Domain directory" et d'introduire les "gaps" selon la numérotation unique IMGT.
- IMGT/Collier-de-Perles permet à l'utilisateur de réaliser l'IMGT Collier de Perles d'une séquence protéique de domaine, dont les "gaps" suivent la numérotation unique IMGT.
- IMGT/DomainSuperimpose permet de superposer les structures 3D de deux domaines de IMGT/3Dstructure-DB.
- IMGT/StructuralQuery est un outil qui permet de faire des requêtes basées sur une description structurale.

3) des ressources Web d'IMGT® qui comprennent plus de 10.000 pages HTML, organisées en plusieurs sections:
- IMGT Scientific chart fournit le vocabulaire contrôlé, les règles d'annotation et les concepts définis par IMGT pour l'identification, la description, et la classification des données des IG et TR de toutes les espèces de vertébrés. Ces concepts constituent IMGT-ONTOLOGY.
- IMGT Repertoire fournit une interface conviviale aux données soigneusement expertisées selon la charte scientifique IMGT, concernant le génome, le protéome, le polymorphisme et la structure des IG et TR de l'homme et des autres vertébrés.
- IMGT Index et IMGT Aide-mémoire représentent des ressources biologiques utiles pour les chercheurs et les étudiants.
- IMGT Bloc-notes fournit de très nombreux liens hypertexte sur les serveurs Web spécialisés en immunologie, génétique, biologie moléculaire et bioinformatique.

- immunoinformatique, immunogénétique, immunomique, ontologie

- système d'information en ligne, bases de données, outils d'analyse de séquences, outils d'analyse de structures

Les bases de données, outils et ressources Web d'IMGT® sont utilisés pour:
- l'analyse des séquences du répertoire des sites anticorps et des récepteurs T dans les maladies autoimmunes et infectieuses, SIDA, leucémies, lymphomes, myélomes,
- l'analyse des séquences du répertoire immunitaire des espèces domestiques,
- l'analyse de la diversité des gènes et de l'évolution du système immunitaire adaptatif chez les vertébrés,
- l'analyse des séquences d'immunoglobulines pour la détection et le suivi des maladies résiduelles,
- l'analyse des séquences et structures en biotechnologie relative à l'ingénierie des anticorps et dans les approches thérapeutiques (récepteurs T/peptide/MHC, HLA chez l'homme).

• Mise à disposition de ressources en information et documentation spécialisée
• Recherche sous contrat
• Expertise

- Contrats de licence (Information system licence agreement) pour les systèmes d'information IMGT/V-QUEST, IMGT/JunctionAnalysis et IMGT/3Dstructure-DB: CENTOCOR Inc., Malvern, Philadelphia PA, Etats-Unis.

- Contrats de collaboration et d'assistance (Assistance and Collaboration agreement) pour les systèmes d'information IMGT/V-QUEST, IMGT/JunctionAnalysis et IMGT/3Dstructure-DB: CENTOCOR Inc., Johnson and Johnson, Malvern, Philadelphia PA, Etats-Unis.Merck, Etats-Unis
- Accords d'accès on-line de IMGT® (IMGT on-line access agreement): Institut de Recherche Pierre Fabre, Saint-Julien-en Genevois, France.

- Contrats de prestations de service (analyses de séquences en vue d'humanisation d'anticorps)

- Contrats de recherche: GIS AGENAE, ACI-IMPBio, ANR, Région Languedoc-Roussillon.

- Contrats européens: BIOMED1 (BIOCT930038), BIOTECH2 (BIO4CT960037), 5th PCRDT (QLG2-2000-01287), ImmunoGrid EU 6th PCRDT (IST-2004-028069).

Les références citées doivent faire l'objet d'un accord avec le(s) partenaire(s) concerné(s).